障害福祉事業の消費税申告のしかた｜簡易課税・特定収入・区分経理を税理士が解説

2026年6月25日

障害福祉事業の消費税申告のしかた｜簡易課税・特定収入・区分経理を税理士が解説

障害福祉サービスの報酬は、消費税が非課税です。けれども、就労継続支援などで生産活動（自主製品の販売・企業からの受託作業）を行っていると、その売上は課税取引になります。「生産活動の課税売上が増えてきたけれど、消費税はどう申告すればいいの？」というご相談が、最近とくに増えています。

この記事では、障害福祉事業の消費税申告の実務を、課税事業者の判定・簡易課税の選び方・特定収入の調整・区分経理の4点にしぼって、大阪・柏原市の障害福祉専門税理士が解説します。結論として、まずは生産活動の課税売上が年1,000万円を超えるかどうかが最初の分かれ目です。

障害福祉の消費税は何が課税される？｜報酬は非課税・生産活動は課税

まず押さえたいのが、「何が非課税で、何が課税か」という区分です。

非課税：障害福祉サービスの報酬（自立支援給付・国保連からの介護給付費等）。社会福祉事業として行うサービスの提供は消費税が非課税です（国税庁タックスアンサー No.6215）。
課税：就労継続支援などの生産活動による収入（自主製品の製造・販売、企業からの受託作業など）。これは非課税の範囲から除かれ、課税取引になります。

障害福祉事業は、この「非課税」と「課税」が一つの事業所に混在するのが特徴です。 だからこそ、消費税の取り扱いがわかりにくくなります。

自分は消費税を納める必要がある？｜課税事業者の判定（1,000万円）

消費税を納める義務があるかどうかは、「課税事業者」かどうかで決まります。基準は、基準期間（個人は前々年、法人は原則前々事業年度）の課税売上高が1,000万円を超えるかどうかです。

ここで重要なのは、非課税である障害福祉サービスの報酬は、この1,000万円の判定に含めないという点です。判定に使うのは、生産活動などの課税売上だけです。生産活動の課税売上が1,000万円以下なら、原則として免税事業者になります。

なお、前年の前半6か月（特定期間）の課税売上高が1,000万円を超える場合などは、その期間の実績で課税事業者になることもあります。

簡易課税と本則課税はどちらが得？｜みなし仕入率の選び方

課税事業者になったとき、消費税の計算方法には「本則課税（一般課税）」と「簡易課税」の2つがあります。

簡易課税は、基準期間の課税売上高が5,000万円以下の場合に選べる、計算が簡単な方法です。実際の仕入れを集計する代わりに、売上の消費税に「みなし仕入率」を掛けて控除額を計算します。事業区分ごとのみなし仕入率は次のとおりです。

事業区分	主な事業	みなし仕入率
第1種	卸売業	90%
第2種	小売業など	80%
第3種	製造業・建設業など	70%
第4種	飲食店業・加工賃などの役務	60%
第5種	サービス業・運輸など	50%
第6種	不動産業	40%

就労支援の生産活動がどの区分になるかは、作業の内容によって変わります。たとえば、自分で材料を仕入れて自主製品を製造・販売する場合は第3種（70%）、企業から材料の支給を受けて加工賃を受け取る受託作業は第4種（60%）、清掃などの役務提供は第5種（50%）が一般的です。区分の判断は分かれやすいため、個別に税理士へご確認ください。

注意点として、簡易課税を選ぶには、適用したい課税期間が始まる前日までに届出が必要です。後からさかのぼって選ぶことはできないため、早めの判断が大切です。

補助金をもらうと控除が減る？｜特定収入の調整（営利法人は原則対象外）

補助金や助成金、寄附金など、対価性のない収入（特定収入）が多い場合、本則課税では仕入税額控除を一部減らす「特定収入の調整」という特例があります（国税庁タックスアンサー No.6495）。

ただし、この特例の対象になるのは、国・地方公共団体・社会福祉法人・NPO法人・公益法人など、消費税法別表第三に掲げる法人等です。株式会社・合同会社などの営利法人は、原則として対象外です。

就労支援事業所の多くは株式会社・合同会社のため、この調整は基本的に関係しません。一方、社会福祉法人やNPO法人が本則課税で、補助金などの特定収入が全体の5%を超える場合には、調整が必要になります（簡易課税を選んでいる場合は調整不要です）。

インボイス登録はすべき？｜取引先が課税事業者かで判断

生産活動の取引先（受託作業の発注企業など）が、支払った消費税を仕入税額控除するには、事業所が適格請求書発行事業者（インボイス）の登録をして、適格請求書を発行する必要があります（国税庁タックスアンサー No.6498）。

登録すると課税事業者になり、申告義務が生じます。判断の軸は、取引先が課税事業者で、仕入税額控除を必要とするかどうかです。取引先が一般消費者中心であれば、登録しないという選択もあり得ます。免税事業者からの仕入れには経過措置（当面、一定割合を控除できる）もあるため、取引への影響を見ながら判断しましょう。

就労支援事業会計で区分経理を

就労支援事業を行う場合は、就労支援事業会計として、生産活動の会計と福祉事業の会計を区分経理します。消費税の面でも、非課税の報酬と課税の生産活動収入を分けて記帳しておくことが、正しい申告の前提になります。

日頃から区分しておけば、課税売上の集計や課税事業者の判定もスムーズです。「気づいたら課税売上が1,000万円を超えていて、申告していなかった」という事態を防ぐためにも、区分経理は早めに整えておきましょう。

まとめ

障害福祉サービスの報酬は非課税、生産活動（自主製品販売・受託作業）の収入は課税。
課税事業者になるかは、生産活動などの課税売上が1,000万円を超えるかで判定（非課税報酬は含めない）。
課税売上5,000万円以下なら簡易課税を選べる。みなし仕入率は事業区分で異なり、生産活動の内容で第3〜5種に分かれる。事前の届出が必要。
特定収入の調整は社福・NPO・公益法人等が対象で、株式会社・合同会社などの営利法人は原則対象外。
インボイス登録は取引先が課税事業者かで判断。就労支援事業会計で区分経理を徹底する。

よくある質問（FAQ）

Q. 障害福祉サービスの報酬に消費税はかかりますか？

A. かかりません。社会福祉事業として行う障害福祉サービスの報酬は非課税です（国税庁 No.6215）。ただし、就労支援の生産活動（自主製品の販売・受託作業）の収入は課税取引になります。

Q. 消費税の課税事業者になるのはどんなときですか？

A. 基準期間（前々年・前々事業年度）の課税売上高が1,000万円を超えると課税事業者になります。非課税の障害福祉サービス報酬は判定に含めず、生産活動などの課税売上だけで判定します。

Q. 簡易課税は障害福祉の生産活動でも使えますか？

A. 基準期間の課税売上高が5,000万円以下で、事前に届出をすれば使えます。みなし仕入率は生産活動の内容で異なり、自主製品の製造販売は第3種（70%）、加工賃型の受託作業は第4種（60%）などが一般的です。

Q. 補助金をもらうと消費税の控除が減ると聞きました。本当ですか？

A. 特定収入の調整という特例ですが、対象は社会福祉法人・NPO法人・公益法人など別表第三の法人等です。株式会社・合同会社などの営利法人は原則対象外で、簡易課税を選んでいる場合も調整は不要です。

Q. インボイスには登録すべきですか？

A. 取引先が課税事業者で、支払った消費税の仕入税額控除を必要とするなら登録を検討します。取引先が一般消費者中心なら登録しない選択もあります。経過措置もあるため、取引への影響を見て判断しましょう。

参考資料

障害福祉事業の消費税・申告のことなら、専門の税理士にご相談ください

Hands On会計事務所は、大阪府柏原市を拠点に、障害福祉事業者（就労継続支援A型・B型、放課後等デイサービス、児童発達支援、グループホームなど）を専門にサポートしている税理士事務所です。非課税の報酬と課税の生産活動が混在する障害福祉事業では、区分経理や課税事業者の判定、簡易課税・本則課税の有利判定、インボイス対応など、専門的な判断が必要になります。当事務所では、就労支援事業会計の区分経理から消費税の申告まで一気通貫でサポートし、「気づいたら申告漏れ」を防ぎます。支援員としての現場経験をもとに専門用語をかみくだいてご説明し、個別支援計画AIや予約管理システムといったITツールは顧問先に無償でご提供しています。柏原市・八尾市・東大阪市・藤井寺市・羽曳野市・松原市・大阪市・堺市をはじめ大阪府全域に対応し、初回相談は無料です。まずはお気軽にお問い合わせください。

執筆・監修：Hands On会計事務所（税理士事務所／大阪府柏原市）

障害福祉事業者（就労継続支援A型・B型、放課後等デイサービス、児童発達支援、グループホームなど）の税務・会計・加算を専門に支援する税理士事務所です。最終更新日：2026年6月25日