インボイスの2割特例が終わったらどうなる？障害福祉事業者の消費税の選び方を税理士が解説
「2割特例が使えるのは今年までと聞いたけれど、来年からうちの消費税はどうなるの？」——障害福祉事業を営む方から、こうしたご相談が増えています。インボイス制度をきっかけに課税事業者になったものの、実は2割特例に助けられていた事業者は少なくありません。
この記事では、2割特例がいつ終わるのか、終わった後に免税へ戻れるのか、課税事業者を続けるなら本則課税と簡易課税のどちらを選ぶのか、そして障害福祉ならではの注意点（給付費・特定収入）までを整理します。結論として、2割特例の終了後は「免税に戻る」「簡易課税」「本則課税」の3択になり、多くの障害福祉事業者はまず”免税に戻れるか”の確認から始めるのが得策です。
2割特例とは？｜インボイスで課税事業者になった人の負担軽減措置
2割特例とは、免税事業者がインボイス発行事業者（課税事業者）になったことで生じる消費税の納税額を、売上にかかった消費税額の2割に軽減できる時限的な負担軽減措置です。 通常より計算が簡単で、「預かった消費税 × 20%」を納めればよく、事務負担も大きく軽くなります。対象は「インボイス制度をきっかけに免税事業者から課税事業者になった人」で、もともと課税売上高が1,000万円を超えていた事業者は対象外です。障害福祉では、取引先や販売先からインボイスを求められて登録し、この特例で乗り切ってきた事業者が多くいらっしゃいます。
2割特例はいつ終わる？障害福祉事業者への影響は？
2割特例が使えるのは「令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日が属する各課税期間」までで、これを過ぎると使えなくなります。 国税庁「2割特例の概要」で示された期限で、残り期間はわずかです。事業形態ごとの「使える最後の課税期間」は次のとおりです。
| 事業形態 | 2割特例を使える最後の課税期間 |
|---|---|
| 個人事業者 | 令和8年分（令和8年1月〜12月）＝令和8年分の申告が最後 |
| 12月決算法人 | 令和8年1月〜令和8年12月 |
| 3月決算法人 | 令和8年4月〜令和9年3月 |
出典：国税庁「2割特例の概要」。個人事業者は令和5年分（10〜12月分）から計4回で終了します。終了後は「免税に戻る」「簡易課税」「本則課税」から選びます。
2割特例が終わったら免税事業者に戻れる？
2割特例の終了後に免税事業者へ戻るには、「基準期間の課税売上高が1,000万円以下」かつ「インボイス発行事業者の登録を取りやめる」の2つが必要です。 インボイス登録をしている限り、売上規模に関係なく課税事業者のままだからです（国税庁 No.6501「納税義務の免除」）。
ここで障害福祉に特有の大切なポイントがあります。社会福祉事業として行う障害福祉サービスの報酬（給付費）は原則として消費税が非課税で、給付費は課税売上高（1,000万円の判定）には含めません。 つまり、就労継続支援の生産活動収入など「課税される売上」だけで1,000万円以下かを見ます。生産活動収入が1,000万円以下で、かつ販売先がインボイスを必要としない（一般消費者向けが中心など）なら、登録を取りやめて免税に戻るのが最も負担の軽い選択になりやすいのです。給付費の非課税や国保連入金との関係は障害福祉サービスの報酬は消費税非課税かとインボイス対応で解説しています。
登録の取りやめは「登録の取消しを求める旨の届出書」で行います。やめたい課税期間の初日から起算して15日前の日までに提出しないと、取消しは翌々課税期間からになる点に注意が必要です（国税庁 D1-70）。細部は見直されることがあるため、最新の情報をご確認ください。
課税事業者を続けるなら本則課税と簡易課税どっちが得？
課税事業者を続ける場合は「本則課税」か「簡易課税」を選びますが、人件費中心で課税仕入れの少ない障害福祉事業者は、簡易課税のほうが有利になりやすい傾向があります。 それぞれの違いは次のとおりです。
| 項目 | 本則課税（原則課税） | 簡易課税 |
|---|---|---|
| 計算方法 | 売上の消費税 − 実際に払った仕入等の消費税 | 売上の消費税 × みなし仕入率 |
| 事務負担 | 大きい（帳簿・請求書で仕入税額控除を積み上げ） | 小さい（売上だけで計算できる） |
| 使える要件 | だれでも可 | 基準期間の課税売上高5,000万円以下＋事前の届出 |
| 向くケース | 設備投資・課税仕入れが多い | 課税仕入れが少ない（人件費中心） |
出典：国税庁 No.6505「簡易課税制度」。簡易課税は業種ごとの「みなし仕入率」で控除額を計算します。就労支援の生産活動収入は、物品の製造・加工なら第3種（70%）、サービス提供や下請作業なら第5種（50%）など、活動の中身で区分が分かれます（国税庁 No.6509）。区分は判断が分かれるため税務署や税理士にご確認ください。
簡易課税を選ぶなら「届出のタイミング」が重要です。 原則は、適用したい課税期間の開始前日（法人は事業年度開始の前日、個人は前年12月31日）までに「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出します。ただし2割特例を使っていた事業者には特例があり、2割特例を適用した課税期間の翌課税期間から簡易課税を受けたい場合は、その翌課税期間の確定申告期限までに届出書を出せば間に合います（国税庁 質疑応答問117）。たとえば令和8年分まで2割特例で申告した個人が令和9年分から簡易課税にするなら、令和9年分の確定申告期限までに提出すればよい、というイメージです。期限の細部は最新をご確認ください。計算手順は障害福祉事業の消費税申告のしかた（簡易課税・特定収入・区分経理）にまとめています。
障害福祉ならではの注意点は？（給付費・補助金などの特定収入）
本則課税を選ぶ障害福祉事業者は、非課税の給付費や補助金・助成金などの「特定収入」があると、仕入税額控除が一部制限される調整計算が必要になることがあります。 対価性のない給付費・補助金・助成金は不課税ですが、これらを財源にした課税仕入れの分は控除を認めない、という考え方があるためです。目安として、特定収入の割合が5%を超えると「特定収入に係る仕入税額控除の調整」が必要になります（消費税法施行令）。
この調整は本則課税に特有で、簡易課税や2割特例の間は不要です（売上をもとに計算するため）。 そのため2割特例が終わって本則課税へ移る事業者は、これまでなかった調整計算が新たに必要になることがあります。給付費は非課税売上なので1,000万円の判定には含めない一方、特定収入としては調整の対象になり得る、という二段構えの理解が欠かせません。補助金や給付費の比率が高い事業者は早めに税理士へご相談ください。障害福祉の消費税の全体像は障害福祉事業の消費税まるわかりガイドをご覧ください。
事業者が今やるべきことは？
2割特例の終了に向けて、障害福祉事業者が今から準備できることを順に挙げます。
- 自社の「2割特例が使える最後の課税期間」を確認する（個人は令和8年分、法人は令和8年9月30日を含む課税期間まで）。
- 課税される売上（生産活動収入など）だけで1,000万円以下かを確認する（給付費は非課税なので含めない）。
- 販売先・取引先がインボイスを本当に必要としているかを確認する。不要なら免税に戻る選択肢が現実的。
- 免税に戻るなら、登録取消の届出書を期限（原則は初日から15日前の日まで）に間に合うよう準備する。
- 課税事業者を続けるなら本則課税と簡易課税を試算する。設備投資や補助金があれば特定収入の調整も含めて税理士に相談する。
まとめ
- 2割特例は令和8年9月30日を含む課税期間で終了する。個人事業者は令和8年分の申告が最後で、残り期間はわずか。
- 終了後は「免税に戻る」「簡易課税」「本則課税」の3択。まずは免税に戻れるかの確認から始めるのが得策。
- 免税に戻るには課税売上高1,000万円以下＋登録の取りやめが必要。給付費は非課税なので課税売上高に含めない。
- 課税事業者を続けるなら、人件費中心の事業は簡易課税が有利になりやすい。届出には2割特例利用者向けの特例期限がある。
- 本則課税に移ると、給付費・補助金などの特定収入による仕入税額控除の調整が新たに必要になり得る。早めの試算と相談を。
よくある質問（FAQ）
Q. インボイスの2割特例はいつまで使えますか？
A. インボイスの2割特例は、令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日が属する各課税期間まで使えます。個人事業者は令和8年分（令和8年1月〜12月）の申告が最後で、令和5年分から数えて計4回です。以後は本則課税か簡易課税を選ぶことになります（国税庁「2割特例の概要」）。
Q. 2割特例が終わったら免税事業者に戻れますか？
A. 2割特例が終わった後に免税事業者へ戻るには、基準期間の課税売上高が1,000万円以下であることに加え、インボイス発行事業者の登録を取りやめることが必要です。障害福祉サービスの給付費は非課税で課税売上高に含めないため、生産活動収入などの課税売上だけで1,000万円以下かを判定します。
Q. 2割特例のあとに簡易課税を選ぶ届出はいつまでですか？
A. 簡易課税を選ぶ届出は原則として適用したい課税期間の開始前日までですが、2割特例を使った事業者には特例があります。2割特例を適用した課税期間の翌課税期間から簡易課税を受けたい場合は、その翌課税期間の確定申告期限までに届出書を提出すれば間に合います（国税庁 質疑応答問117）。期限の細部は最新をご確認ください。
Q. 補助金や給付費があると消費税の計算はどう変わりますか？
A. 補助金や非課税の給付費などの「特定収入」がある本則課税の事業者は、特定収入の割合が一定（目安5%）を超えると、仕入税額控除を減らす調整計算が必要になります。簡易課税や2割特例の間はこの調整は不要のため、本則課税へ移る際は計算が複雑になる点に注意が必要です。
参考資料
- 国税庁｜2割特例（インボイス発行事業者となる小規模事業者に対する負担軽減措置）の概要
- 国税庁｜消費税の軽減税率制度Q&A 問117（2割特例や3割特例を適用した課税期間後の簡易課税制度の選択）
- 国税庁｜No.6509 簡易課税制度の事業区分
- 国税庁｜No.6215 社会福祉事業等の非課税範囲
2割特例終了後の消費税の選び方（本則課税か簡易課税か・免税に戻れるか・特定収入の調整・申告）でお悩みなら、専門の税理士にご相談ください
Hands On会計事務所は、大阪府柏原市を拠点に、障害福祉事業者（就労継続支援A型・B型、放課後等デイサービス、児童発達支援、グループホームなど）を専門にサポートしている税理士事務所です。2割特例が使える最後の課税期間の確認、免税事業者に戻れるかの判定、本則課税と簡易課税の有利不利のシミュレーション、簡易課税選択届出書の提出、給付費・補助金など特定収入がある場合の仕入税額控除の調整、そして日々の区分経理と消費税申告まで、現場を知る税理士が一気通貫でお手伝いします。支援員としての現場経験をもとに、専門用語をかみくだいてご説明しますので、税務が苦手な方もご安心ください。個別支援計画AIや予約管理システムといったITツールは顧問先に無償でご提供しており、事務負担の軽減にもつながります。柏原市・八尾市・東大阪市・藤井寺市・羽曳野市・松原市・大阪市・堺市をはじめ大阪府全域に対応し、初回相談は無料です。まずはお気軽にお問い合わせください。
執筆・監修：税理士 栗谷川 雄介（登録番号 第157826号）／Hands On会計事務所（税理士事務所・大阪府柏原市）
障害福祉事業者（就労継続支援A型・B型、放課後等デイサービス、児童発達支援、グループホームなど）の税務・会計・加算を専門に支援する税理士事務所です。最終更新日：2026年7月6日
